卧佛寺其实本不叫这个名字，而称封崇寺，相传该寺始建于六朝梁武帝年间，在历史的年轮中，历遭战火，几经重建，清初修建为“敕建封崇寺”，九十九间半的鼎盛规模也是在那时创下。所谓“敕建”，就是皇帝下令建造的意思，由此可见封崇寺在当时地位的显赫。后来印度僧人送来一尊檀木雕的卧佛，供奉在后殿藏经楼上，封崇寺也因此声名大振，前来寺中的膜拜者络绎不绝，从此封崇寺又多了一个别名——卧佛寺。
　　
　　 清朝时曾有九十九间半房
　　
　　 卧佛寺的旧址门前有一对石狮，据说是用明矶石精刻细凿而成，十分雄伟。据记载，清朝时，卧佛寺的前门开在月牙巷，后门开在七家湾，共有房屋九十九间半。而按照清代规定，除了皇家宫院外，寺院、府第只能限在一百间以内，卧佛寺原来的规模可以说是到了极限，有的房屋因为常年无人踏足，便只能封存不用。寺中的佛规相当严格，僧人每天早晚要诵经拜佛，除三餐一宿外，白天要照应香火，接待香客，供应茶水，每夜也要轮流值班保护寺院。
　　
　　 在关于封崇寺的一些记载中，尤其提及了山门外照墙上的砖刻大佛字，寺僧根如指为六朝时物，故寺门有联云：古寺犹存明季石，照墙尚有建康砖。
　　
　　 僧人每逢腊八节化缘施粥
　　
　　 封崇寺一直都是南京城南声名远播的名刹古寺，尤其是每年的“腊八节”，封崇寺僧人化缘施粥，接济百姓，一直传为美谈。
　　
　　 不过在封崇寺的历史上，也有悲壮的一笔。历经战火破坏的封崇寺，在太平军攻占南京期间遭受了一次最严重的毁坏，住持炳炎因不肯向太平军屈服，一把火几乎将封崇寺烧光，自己也同时殉难。同治年间，封崇寺才得以重修。
　　
　　 抗战之后毁于大火
　　
　　 卧佛寺在历代僧人精心维护下，一直保留到民国。抗战胜利后，太虚大师在重庆创办的大雄中学迁来南京，一时无地落脚，便借用卧佛寺的一些空屋为临时校舍。由于学校人多，不慎引起火灾，而月牙巷、仓巷一带都是小街狭巷，当时消防队和各区救火队的车辆一时不能驶入，加之水源困难，延误了时间，以致火势猛烈，虽然大火终究被扑灭，但卧佛寺的大雄宝殿、藏经楼等建筑和佛像、经书均毁于一旦。